医院可以在未获本人允许的情况下将病例存档。
分析：病历档案是患者在医院诊疗过程中形成的重要医疗文件，医院有保管病历的义务，这有助于后续的医疗诊断、治疗参考及可能的医疗纠纷处理等。根据我国相关法律规定，患者享有对自己病历档案的知情权和复印权等权利，但并未规定医院存档病历需经患者允许。因此，医院有权对病历进行存档管理。
提醒：若患者发现医院未妥善保管病历或存在病历泄露等严重问题，应及时向医院投诉或寻求法律帮助。
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具体操作：
1. 与医院沟通时，应保持冷静，明确表达诉求，了解医院存档病历的法律依据和操作流程，看是否存在不当之处。
2. 若选择投诉举报，应向相关部门提供详细情况说明和证据材料，如病历存档证明、个人隐私受损证明等。
3. 若选择法律途径，应先咨询专业律师，了解自身权益和法律责任，准备充分的证据材料，如病历复印件、隐私泄露证明、医院不当操作证据等。同时，可考虑通过诉讼或调解等方式解决纠纷。
在处理过程中，患者应保持冷静和理性，依法维护自身权益。同时，也应注意保护个人隐私和信息安全，避免不必要的损失和风险。
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处理方式：
从法律角度看，患者若发现医院未经允许存档病例，可采取以下常见处理方式：
1. 与医院沟通：首先尝试与医院管理部门沟通，了解存档的具体原因和流程，看是否存在误解或不当操作。
2. 投诉举报：若沟通无果，可向医院上级主管部门或卫生健康行政部门进行投诉举报。
3. 法律途径：若问题严重，如病历泄露导致个人隐私受损，可寻求法律途径解决。
选择方式：
- 若问题轻微，建议先尝试与医院沟通解决。
- 若沟通无效或问题严重，可考虑投诉举报或法律途径。